注意：增值税法实施后农产品核定扣除的扣除率衔接问题

文/每日一税团队

编者按： 增值税法税率没变，但税目边界变了。核定扣除企业还在按2012年的老办法算进项，扣除率跟着销售税率走这条线，在新法下已经断了——目前没有任何文件告诉你怎么算。本文提醒大家注意和管控这个风险。

财政部、税务总局公告2026年第10号（以下简称10号公告），对农产品核定扣除的规定只有一句：“继续按财税〔2012〕38号和财税〔2013〕57号执行。”看起来平稳过渡，但这句话跳过了一个关键问题：38号文的扣除率规则，在新法下还能不能直接套用？

38号文第四条规定，农产品进项税额扣除率为销售货物的适用税率。核定扣除企业不凭票抵扣，而是按投入产出法或成本法核定农产品耗用数量，再乘以销售货物的适用税率算出可抵扣进项。扣除率跟着销售税率走，逻辑很简单——只要“销售货物适用税率”这件事本身是确定的。

2019年税率调整时，这个逻辑没出问题。39号公告把16%调为13%、10%调为9%，国家税务总局即问即答明确，扣除率跟着销售税率数字走，适用13%的扣除率就是13%，适用9%的就是9%。那次只是税率数字变了，税目边界没动——原来适用16%的货物，调整后还是同一类货物，只是数字从16%变成了13%。“扣除率=销售货物适用税率”这条线没断，跟着数字走就行。

2026年增值税法实施后，情况本质不同了。三档税率数字没变，但财政部、税务总局公告2026年第9号（以下简称9号公告）重新划定了税目边界。初级农产品的适用范围被细化，豆制品、燕窝、干鱼翅等明确不再属于初级农产品，不再适用9%税率。对凭票抵扣的企业来说，税目变了按新税率开票就行；但对核定扣除企业，问题出在38号文那条规则上——如果一家豆制品企业的终端产品从9%税目被划入13%税目，“扣除率=销售货物适用税率”意味着扣除率从9%跳到13%。假设年耗用农产品1亿元，扣除率从9%跳到13%，进项差额约400万。进项抵扣突然放大，但没有任何配套文件确认这个跳档是否成立。反过来，如果某产品从13%税目划入9%，扣除率缩水，企业进项抵扣减少，同样没有依据。

2019年是数字变了，逻辑没断；2026年是税率没变，但税目边界变了，逻辑断了。10号公告只说“继续执行”，没有回答：当“销售货物适用税率”因为税目调整而发生变化时，核定扣除的扣除率该不该跟着变？

目前，各地税务机关仍在按38号文老办法核定扣除，河北、湖北、福建等地2026年发布的核定扣除标准和耗用率公告，均未涉及扣除率衔接问题。也就是说，这个坑已经存在，但还没有人踩响。

对核定扣除企业来说，在没有明确指引之前，最紧迫的是对照9号公告重新审视本企业终端产品的税目归属，确认是否因税目边界调整而适用税率发生了变化；如果存在变化，主动与主管税务机关沟通确认扣除率的认定口径，争取书面答复作为申报依据。10号公告的“继续执行”更像是过渡安排，扣除率衔接问题迟早需要有明确说法，后续政策动态值得持续关注。

税率没变，不代表一切照旧。