医药行业涉税政策及风险点梳理（20240717更新）
发布时间：2024-07-17 来源：言税 作者：严颖整理
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1.根据《国家税务总局关于卫生防疫站调拨生物制品及药械征收增值税的批复》（国税函〔1999〕191号）规定，对卫生防疫站调拨生物制品和药械，可按照小规模纳税人3%的增值税征收率征收增值税。
2.根据《国家税务总局关于药品经营企业销售生物制品有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2012年第20号)规定，属于增值税一般纳税人的药品经营企业销售生物制品，可以选择简易办法按照生物制品销售额和3%的征收率计算缴纳增值税。药品经营企业，是指取得（食品）药品监督管理部门颁发的《药品经营许可证》，获准从事生物制品经营的药品批发企业和药品零售企业。
3.根据《国家税务总局关于兽用药品经营企业销售兽用生物制品有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2016年第8号）规定，属于增值税一般纳税人的兽用药品经营企业销售兽用生物制品，可以选择简易办法按照兽用生物制品销售额和3%的征收率计算缴纳增值税。
4.根据《财政部 海关总署 税务总局 国家药品监督管理局关于抗癌药品增值税政策的通知》（财税〔2018〕47号）规定，自2018年5月1日起，增值税一般纳税人生产销售和批发、零售抗癌药品，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税，对进口抗癌药品，减按3%征收进口环节增值税。
5.根据《财政部 海关总署 税务总局 药监局关于罕见病药品增值税政策的通知》规定，自2019年3月1日起，增值税一般纳税人生产销售和批发、零售罕见病药品，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及《财政部、国家税务总局关于印发<农业产品征税范围注释>的通知》 （财税字〔1995〕52号）规定，药用植物适用增值税低税率（目前为9%），农业生产者销售的自产的药用植物免征增值税，药用植物是指用作中药原药的各种植物的根、茎、皮、叶、花、果实等。利用上述药用植物加工制成的片、丝、块、段等中药饮片，也属于本货物的征税范围。中成药不属于本货物的征税范围。
根据《财政部、国家税务总局关于创新药后续免费使用有关增值税政策的通知》（财税〔2015〕4号)规定，药品生产企业销售自产创新药的销售额，为向购买方收取的全部价款和价外费用，其提供给患者后续免费使用的相同创新药，不属于增值税视同销售范围。创新药，是指经国家食品药品监督管理部门批准注册、获批前未曾在中国境内外上市销售，通过合成或者半合成方法制得的原料药及其制剂。
根据《财政部 国家税务总局关于广告费和业务宣传费支出税前扣除政策的通知》（财税〔2017〕41号 ）规定，对化妆品制造或销售、医药制造和饮料制造（不含酒类制造）企业发生的广告费和业务宣传费支出，不超过当年销售（营业）收入30%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
1.劳务报酬所得，是指个人从事劳务取得的所得，包括从事设计、装潢、安装、制图、化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、翻译、审稿、书画、雕刻、影视、录音、录像、演出、表演、广告、展览、技术服务、介绍服务、经纪服务、代办服务以及其他劳务取得的所得。（《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条）
受医疗机构临时聘请坐堂门诊及售药，由该医疗机构支付报酬，或收入与该医疗机构按比例分成的人员，其取得的所得，按照“劳务报酬所得”应税项目缴纳个人所得税，以一个月内取得的所得为一次，税款由该医疗机构代扣代缴。（国税发〔1997〕178号）
（1）个体工商户从事生产、经营活动取得的所得，个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得；
（2）个人依法从事办学、医疗、咨询以及其他有偿服务活动取得的所得；
（3）个人对企业、事业单位承包经营、承租经营以及转包、转租取得的所得；
（《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条）
个人经政府有关部门批准，取得执照，以门诊部、诊所、卫生所（室）、卫生院、医院等医疗机构形式从事疾病诊断、治疗及售药等服务活动，应当以该医疗机构取得的所得，作为个人的应纳税所得，按照“个体工商户的生产、经营所得”应税项目缴纳个人所得税。
个人未经政府有关部门批准，自行连续从事医疗服务活动，不管是否有经营场所，其取得与医疗服务活动相关的所得，按照“个体工商户的生产、经营所得”应税项目缴纳个人所得税。（国税发〔1997〕178号）
对于由集体、合伙或个人出资的乡村卫生室（站），由医生承包经营，经营成果归医生个人所有，承包人取得的所得，比照“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”应税项目缴纳个人所得税。乡村卫生室（站）的医务人员取得的所得，按照“工资、薪金所得”应税项目缴纳个人所得税。（国税发〔1997〕178号）
（1）符合条件的医疗机构提供的医疗服务免征增值税。（财税〔2016〕36号 附件三第一条第七款）
（2）自2019年2月1日至2027年12月31日，医疗机构接受其他医疗机构委托，按照不高于地（市）级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格（包括政府指导价和按照规定由供需双方协商确定的价格等），提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务，可适用《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》（财税〔2016〕36号印发）第一条第（七）项规定的免征增值税政策。（财税〔2019〕20号、财政部 税务总局公告2023年第68号）
（3）对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。不按照国家规定价格取得的医疗服务收入不得享受这项政策。 医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复和提供预防保健、接生、计划生育方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食的业务。（财税〔2000〕42号 第一条第一款，上述医疗机构具体包括：各级各类医院、门诊部（所）、社区卫生服务中心（站）、急救中心（站）、城乡卫生院、护理院（所）、疗养院、临床检验中心等。上述疾病控制、妇幼保健等卫生机构具体包括：各级政府及有关部门举办的卫生防疫站（疾病控制中心）、各种专科疾病防治站（所），各级政府举办的妇幼保健所（站）、母婴保健机构、儿童保健机构等，各级政府举办的血站（血液中心））
注：财税〔2000〕42号规定的对非营利的医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入免征各项税收，仅指机构自身的各项税收，不包括个人从医疗机构取得所得应纳的个人所得税。
（4）对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税；对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内对其自产自用的制剂免征增值税。（财税〔2000〕42号 第一条第三款；第一条第三款）
（1）符合条件的非营利组织的收入为免税收入。（中华人民共和国企业所得税法第二十六条第四项）
（2）非营利组织的下列收入为免税收入：接受其他单位或者个人捐赠的收入；除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；财政部、国家税务总局规定的其他收入。（财税〔2009〕122号）
对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。对营利性医疗机构，自其取得执业登记之日起，3年内给予自用的房产、土地免征房产税、城镇土地使用税。（财税〔2000〕42号 第一条第五款;第二条第一款）
医疗机构占用耕地免征耕地占用税。（中华人民共和国耕地占用税法第七条）
（1）国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋权属用于医疗的免征契税；（中华人民共和国契税法）
（2）非营利性的医疗机构承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、养老、救助的免征契税；（中华人民共和国契税法）
（3）享受契税免税优惠的非营利性的医疗机构限于上述依法登记为事业单位、社会团体、基金会、社会服务机构等的非营利法人和非营利组织。其中：医疗机构的具体范围为经县级以上人民政府卫生健康行政部门批准或者备案设立的医疗机构。（财政部 税务总局公告2021年第23号第三条）
（4）享受契税免税优惠的土地、房屋用途具体如下：用于医疗的，限于门诊部以及其他直接用于医疗的土地、房屋；（财政部 税务总局公告2021年第23号第三条）
1.《印发关于在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”的实施意见（试行）的通知》（国医改办发〔2016〕4号）规定，药品生产、流通企业销售药品，应当按照规定开具增值税发票，项目要填写齐全。发票的购、销方名称应当与随货同行单、付款流向一致、金额一致。
公立医疗机构必须验明票、货、账三者一致方可入库、使用，不仅要向流通企业索要、验证发票，还应当要求流通企业出具加盖印章的由生产企业提供的进货发票复印件，两张发票的药品流通企业名称、药品批号等相关内容互相印证，且作为公立医疗机构支付药品货款凭证，纳入财务档案管理。
2.2017年1月，国务院医改办等联合发布《关于在公立医疗机构采购中推行“两票制”的实施意见(试行)》，要求公立医疗机构药品采购中逐步推行“两票制”，鼓励其他医疗机构药品采购中推行“两票制”。“两票制”是指药品生产企业到流通企业开一次发票，流通企业到医疗机构开一次发票。
3.《国家税务总局关于医院收费使用凭证问题的批复》（国税函发〔1995〕575号）规定，根据《中华人民共和国发票管理办法》第三条的规定，医院、诊所和其他医疗机构提供医疗服务收取费用所使用的各种收费凭证属于发票范畴，其具体管理方式和管理办法，由各地税务机关根据本地实际情况确定。
（一）会计核算不健全、不规范，不能全面、完整、准确地反映其实际生产经营状况；
3.取得预收账款，商品发出不作销售，存在收入不记账或“滞后”申报纳税的行为；
4.部分企业人为压低部分商品的销售价格，少记销售收入，造成企业账面反映的毛利率与税负率偏低；
5.将医疗器材无偿赠送给医院和医疗机构，未视同销售；
7.将高开金额在扣除增值税后又以劳务费等形式支付给医院等机构或者用于医院开发、系统维护、学术推广等。
1.将小规模期间购进的货物于转为?般纳税人之后取得增值税专?用发票抵扣进项税金；2.虚开农产品收购发票；
3.用油品增值税专用发票代替运费发票抵扣进项税金；
5.部分与经营无关的?机、IPAD电子类产品等消费品作进项抵扣；
1.采购原材料时，通过空转发票等方式抬高采购成本的情况；
2.将制造费用分摊至不同药品时，分摊系数不合理，存在蓄意抬高生产成本的现象。
2.以咨询费、会议费、住宿费、交通费等各类发票套取大额现金；
4.会议费列支不否真实，发票内容与会议日程、参会人员、会议地点等不相符；
5.医疗机构将会议费、办公费、设备购置费用等转嫁医药企业；
6.通过专家咨询费、研发费、宣传费等方式向医务人员支付回扣；
7.小型医药代理商转变为CSO（Contract Sales Organization）开具大量项目为“技术咨询费”、“推广费”的发票，增加制药企业的销售费用，从而抵消高开模式下产生的中间环节成本。
4.存在按购药品数量向医疗机构或医务人员销售返点现象；
5.库存管理、合同签订、销售发货、款项收取等流程控制未生效，存在药品空转现象。
