一
基础信息
某物流园旧改项目地块位于S市中心，原由A公司于1991年通过“招拍挂”方式取得土地使用权，土地用途为仓储及配套设施和工业厂房。仓储厂房建成后，A公司委托B公司代为出租经营。
2003年12月，A公司通过董事会决议将仓储厂房约7.2万平按账面价值8500万元，转为了对B公司的投资。此项投资决议虽已对外公告，但投资物业对应的产权证却始终未办理变更登记，A公司就此次投资事项也未在事后出具相应的验资报告以及双方所签署的增资协议。
A公司财务人员根据董事会决议及企业会计准则，将仓储厂房资产财务调整为“长期股权投资”，B公司亦同样以“投资性房地产”项目在财务报表中列报投资物业资产。
此后，该物业资产的实际使用人归于B公司。从B公司的财务报表中也可以看出，B公司出租运营该项物业资产并获得租金收益，且每年计提固定资产折旧在企业所得税前扣除，按规定缴纳房产税和土地使用税。
二
事件时间轴
v 2007年11月，S市发改委下发文书，该物流园旧改项目被纳入为S市固定资产投资前期工作计划。
v 2010年4月，该物流园项目被纳入S市2010年第一批城市更新单元计划。
v 同年7月，S市规土委复函B公司关于物流园项目原土地及房屋确权的申请，并出具书面文件。文件明确认定物流园项目原权利人为A公司，房屋面积为62,212.5平米。
v 同年8月，区旧改办核准B公司为物流园项目更新改造实施主体。与此同时，AB公司签订《拆迁补偿安置协议》约定，物流园项目更新改造后，B公司将总建筑面积29.384万平米的房产无偿过户给A公司，作为B公司对控股公司的补偿。
v 同年9月，B公司申请办理《拆迁许可证》。当地国土委复函称，物流园项目为单一权利主体，且为B公司自有物业，因此无需办理《拆迁许可证》。
v 同年12月，国土局与A公司签订《土地出让合同补充协议》，协议约定政府无偿收回物流园项目所在地块，该地块所涉及的经济关系，由A公司自行解决。基于《拆迁补偿安置协议》、《土地出让合同补充协议》和房产注销登记，国土局最终与B公司签订了《土地使用权出让合同》。B公司缴纳6.92亿元地价款后，重新获得了该物流园项目所在地块的土地使用权。
v 2013年10月，项目正式开始拆迁。
v 2014年，AB两公司签署《拆迁补偿安置协议补充协议》。协议约定，A公司基于经营需要及公允原则，将原先的物业补偿方案，改为一次性现金补偿13亿元。B公司接受现金补偿后，A公司不再另行给予物业补偿。
v 2014-2017年，物流园项目因种种原因搁置不前。2017年末，项目重新调整规划，再次启动。
v 2019年12月，S市规划局与A公司签订了《土地出让合同第三补充协议书》，开发建设用地由原来的两宗地调整为三宗地，并同步调整了土地价款。
v 2020年12月，项目取得预售许可证，开始销售。
三
税务风险事项揭示
1、旧改前物业产权归属问题的风险提示
旧改前物业资产的实际使用人是B公司，收益权属于B公司，但产权证上写的所有人是A公司。旧改前物业产权到底属于谁，沥呕君认为应该从如下两方面进行分析：
（1）旧改前产权属于B公司的相关证据及存在的问题
1）旧改前产权属于B公司的证据
a. 旧改前物业资产实际使用人是B公司，收益权属于B公司
2003年，A公司对外公告董事会决议将旧改前物业投资给B公司后，将旧改前物业资产财务调整为长期股权投资。但未发现对投资物业产权证办理产权投资变更登记，也未发现相应的增资协议和验资报告。
尽管没有办理产权变更登记，但从2003年起，B公司一直实际使用物业资产出租收取租金，以“投资性房地产”项目在财务报表中列报投资物业资产，并按照自有房产每年计提折旧费用在所得税前扣除，缴纳房产税和土地使用税。旧改前物业资产实际使用人是B公司，B公司拥有旧改前物业资产的收益权。
b. 拆迁许可复函注明被拆迁物业属于B公司
2010年9月，S市规土委出具的复函文件显示，物流园项目被拆物业为B公司自有物业，无需申请《拆迁许可证》。
2）旧改前产权属于B公司存在的税务问题
如果旧改前物业产权属于B公司，即2003年物业投资成立，则:
a.物流园旧改项目属于B公司自改行为，不可能存在拆迁补偿业务，也就不可能存在拆迁补偿成本，由此B公司旧改项目开发税负将可能得不到有效降低。
b.未发现物业投资环节相关的纳税记录，存在纳税调整补税及滞纳金甚至罚款的风险。
①B公司司接受物业投资成立，受让物业行为需要照章缴纳契税，可能存在补税及滞纳金甚至罚款的风险。
②A公司2003年投资环节企业所得税纳税调整风险
A公司2003年的投资行为，按照当时税法的规定，可以免征投资环节的营业税和土地增值税，但按物业账面净值投资，存在企业所得税纳税调整风险。具体分析如下：
①营业税无风险
按照财税〔2002〕191号的规定，A公司以不动产投资入股B公司，投资环节免征营业税，因此理论上不存在营业税税务检查风险。
②土地增值税无风险
按照财税字[1995]第048号的规定，A公司以不动产投资入股B公司，投资环节免征土地增值税。
本文件相关规定于2006年3月2日失效，但B公司在2003年的投资行为，仍然适用该免税条款，因此理论上不存在土地增值税税务检查风险。
③企业所得税纳税调整风险
根据国税发[2000]118号文件，2003年A公司的不动产投资行为应分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项经济业务，计算确认资产转让所得或损失，并按规定进行所得税处理。但实际按物业账面净值投资，存在企业所得税纳税调整风险。
（2）旧改前产权属于控股公司的相关证据及存在的问题
1）旧改前产权属于A公司的证据
a. 旧改前物业产权证上注明的权利人一直是A公司
尽管A公司于2003年对外公告董事会决议将旧改前物业资产投资给B公司后，将旧改前物业资产财务调整为长期股权投资；B公司自此也一直实际使用物业资产出租收取租金，以“投资性房地产”项目在财务报表中列报投资物业资产，并按照自有房产每年计提折旧费用在所得税前扣除，缴纳房产税和土地使用税。
但，投资物业产权证毕竟没有办理变更登记，相应的增资协议和验资报告，亦是没有。旧改前物业产权仍然归属于A公司。
b. 系列政府文件均确认旧改前物业产权为A公司所有
2010年7月，S市规土委出具的复函文件明确了物流园项目旧改前物业权利人以土地使用权出让合同书及房地产权登记为准。项目土地使用权出让合同书及房地产权登记的权利人均是A公司；同年9月，S市房地产权登记中心产权资料查询结果也显示，投资物业的产权为A公司所有，其他相关政府文件也均可以说明产权归属于A公司。
c. S市规土委与A公司签订了收回土地使用权的《土地出让合同补充协议》，同样能够说明问题。不是你的地，谈什么“收回”？
2）旧改前产权属于A公司存在的税务问题
如果旧改前物业产权属于A公司，即2003年物业投资不成立，则：
a.财务报表追溯调整风险
物流园旧改项目如此一来就变成了：B公司拆迁补偿A公司，两家公司有可能涉及追溯调整各自以前年度的财务报表。具体是否需要调整以及如何调整，则需要与负责审计的会计事务所进一步沟通确认。
b.纳税调整风险
如果旧改前物业产权属于A公司，而实际使用人是B公司，从税务角度来说，A公司应按照市场价格向B公司收取租金，缴纳营业税及附加，并根据租金收入和计提的折旧费用申报企业所得税。A公司如若没有收取租金及申报纳税记录，则存在被税务机关核定租金补税及滞纳金甚至罚款的风险。
B公司对实际未投资的物业资产计提折旧费用在企业所得税前扣除，同样存在纳税调整补税及滞纳金甚至罚款的风险。
假定物流园旧改项目开发成本中的800万元为旧改前投资物业的资产净值，那么由于物业投资的前提不成立，且并无任何合理票据作为入账凭证，根据相关法规规定，该成本也就不能在土地增值税和企业所得税前扣除，存在纳税调整风险，从而间接导致B公司的土地增值税、企业所得税的税负增加434万元。
土地增值税：按最低税率档计，或将增加：800×1.3×30%=312万元）
企业所得税：或将增加：（800-312）×25%=122（万元）
四
沥呕君建议
物流园旧改项目在实施旧改前的物业产权归属于A公司，而B公司作为旧改项目实施主体，对A公司进行拆迁补偿，项目开发有条件做拆迁补偿费用。尽可能做大做足拆迁补偿费用，通过合理提高项目开发成本，从而有效降低项目整体税负。
相关法律依据：
1、《财政部 国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）
以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。
2、《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]第048号）
对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。
3、《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》 (国税发[2000]118号)
（一）企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，包括股份公司的法人股东以其经营活动的部分非货币性资产向股份公司配购股票，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。
（二）上述资产转让所得如数额较大，在一个纳税年度确认实现缴纳企业所得税确有困难的，报经税务机关批准，可作为递延所得，在投资交易发生当期及随后不超过5个纳税年度内平均摊转到各年度的应纳税所得中。
（三）被投资企业接受的上述非货币性资产，可按经评估确认后的价值确定有关资产的成本。
4、国税发〔2006〕187号《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》
第四条 土地增值税的扣除项目
（一）房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
5、国税发〔2009〕31号国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知
第三十四条 企业在结算计税成本时其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的，不得计入计税成本，待实际取得合法凭据时，再按规定计入计税成本。
