2026年7月17日，国家税务总局公布《关于企业重组业务所得税处理有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2026年第13号，下称“13号公告”），对企业合并、分立业务适用特殊性税务处理的有关事项作出规定。针对长期困扰上市公司以及涉及多元股东场景的企业合并分立特殊性税务处理适用难题，13号公告创新性地引入了“部分特殊性处理+部分一般性处理”的解决思路，即在现有税收政策框架下，允许合计持股50%以上的被合并（被分立）企业居民企业股东以及其持股对应的有关资产、负债适用特殊性税务处理，从而在一定程度上扩大了特殊性税务处理在企业合并分立业务中的适用范围。 

对于并购重组市场而言，上述举措在税收领域呼应了以“并购六条”为代表的政策导向，对于降低并购交易的税务成本、释放市场活力有着积极的意义。与此同时，对于拟适用13号公告的合并分立业务相关主体，也应关注新政对企业带来的各项合规要求，尤其在被合并（被分立）企业的所得税处理、重组后股权转让的税务影响等方面，相关的税务管理可能会面临一定挑战。

财政部、国家税务总局于2009年发布财税[2009]59号文件（下称“59号文”），首次将企业重组业务的企业所得税处理分为一般性税务处理、特殊性税务处理。前者一般要求在重组环节按有关股权、资产的公允价值确认转让所得或损失。后者则通过计税基础递延的方式，免于在重组环节当即产生有关股权、资产的转让税负，因此受到不少重组交易当事方的青睐，但该处理仅允许符合条件¹的重组交易当事方选择适用。国家税务总局公告2010年第4号对重组业务选择适用特殊性税务处理的征管规则作出进一步明确，要求同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理——这一项规则对于持股分散场景下的特殊性税务处理适用带来了一定的障碍。 

以上市公司合并分立业务为例：一方面，作为重组业务当事方，上市公司的股东数量众多，要求所有股东就税务处理达成一致具有较大难度；另一方面，很多企业的股东主体类型已不再局限于居民企业，还包括了自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业等——实践中有一些观点认为，不具备企业所得税纳税人身份的股东本来就不适用特殊性税务处理，因此一旦有此类重组交易当事方参与，则该重组交易整体可能无法适用企业所得税的特殊性税务处理。显然，上述两方面的因素对于有适用特殊性税务处理意愿的居民企业股东而言将造成困扰。为解决这一问题，13号公告在坚持特殊性税务处理基本原则的基础上，优化了关于一致性税务处理的要求，以提高政策的可操作性。

延续前文示例情形一，假设所有居民企业股东均就适用特殊性税务处理达成一致，股权支付比例100%，且同时符合其他特殊性税务处理条件。

居民企业股东——所有居民企业股东（即股东C-N）适用特殊性税务处理，以其持有的乙公司股权原有计税基础确定其取得的甲公司股权计税基础，故不确认股权转让所得。

被合并企业（乙公司）——简化起见，假设重组日乙公司资产列表如下，暂不考虑负债（单位：万元）：

达成一致的居民企业股东合计持股比例为56%，则乙公司转让上述资产的56%部分适用特殊性税务处理，在当期暂不确认所得，其余44%应在当期确认转让所得440万元（即（3500-2500）×44%）。

合并企业（甲公司）——甲公司可以在以下两种方法中选择其中一种用以确定取得乙公司资产的计税基础：

方法一：由于乙公司的资产按有关持股比例分别适用特殊性税务处理和一般性税务处理，因此甲公司层面也应分别按单项资产确认计税基础。以上述资产X为例，56%部分的计税基础为560万元（即1000×56%），其余44%部分的计税基础为660万元（即1500×44%），合计资产X的计税基础为1220万元。

方法二：考虑到实践中，企业合并（分立）可能涉及大量资产负债，若按方法一逐项计算资产和负债的计税基础，企业核算负担较高，因此13号公告允许合并（分立）企业作简易处理，即选择按被合并（被分立）企业资产和负债的原计税基础确认计税基础，并将对应的公允价值和原计税基础之间的差额，单独作为一项资产，自重组日所属年度起分10年均匀在税前摊销扣除。在示例中，甲公司可以按乙公司全部资产的公允价值和计税基础之差的44%确认一项所得税意义的资产440万元（即（3500-2500）*44%）。此方法一经选择，不得改变。

上述两种方法下，甲公司取得乙公司资产的计税基础如下表所示（单位：万元）：

延续前文示例，假设所有居民企业股东均就适用特殊性税务处理达成一致，且各方在重组日已依规适用特殊性税务处理。

情形1：重组后12个月内，原持有乙公司5%股权的股东F转让其持有的全部甲公司股权。

由于居民企业股东F原持有被合并企业乙公司股权比例不低于5%，因此该转让将导致原合并业务无法适用13号公告规定的特殊性税务处理。

情形2：重组后12个月内，原分别持有乙公司3.6%和3.4%股权的股东M和N转让其持有的全部甲公司股权。

居民企业股东M、N不属于原持有被合并企业乙公司股权比例不低于5%的居民企业股东，也不属于乙公司的前十大居民企业股东；然而，剔除两者原合计持股比例7%以后，达成一致的居民企业股东合计持股比例将从56%下降至49%，因此上述转让将导致原合并业务无法适用13号公告规定的特殊性税务处理。

情形3：重组后12个月内，原持有乙公司3.6%股权的股东M转让其持有的全部甲公司股权。

考虑到居民企业股东M原持有乙公司股权比例低于5%，亦不属于乙公司的前十大居民企业股东，而且剔除其原持股比例3.6%以后，达成一致的居民企业股东合计持股比例为52.4%仍超过50%，由此推断该转让不会对其他居民企业股东的特殊性税务处理带来不利影响。然而，如果股东M已经进行特殊性税务处理的，其自身是否需要追溯调整为一般性税务处理？另一方面，即使原合并业务的特殊性税务处理不受影响，但由于达成一致的股东持股比例发生变化，甲公司、乙公司是否仍然需要对其在重组日的资产和负债的计税基础、转让所得或损失确认等事项作出相应的调整？13号公告及其官方解读并未就上述情形的税务影响作具体讨论，这些事项或待明确。

企业重组业务的税务风险一直为市场主体所关注。如何依规适用特殊性税务处理，避免因不当适用而被追缴大额税款是长期以来的热点议题。此次出台的13号公告通过对被合并（被分立）企业的资产和负债，部分适用特殊性税务处理的方式降低了特殊性税务处理的适用门槛——虽然在股权支付比例低于100%的特殊性税务处理情形中已经采取了类似的做法，但根据有关股东的持股比例对被合并（被分立）企业的资产和负债计税基础作部分延续，仍具有一定的创新意义，有助于降低合并分立的交易税负。

对于拟就正在推进或计划实施的合并分立业务适用13号公告特殊性税务处理的企业及其股东，建议尽早开展相关的准备和规划工作，如梳理重组前的股东结构、评估一致性同意门槛，以及提前做好计划预案和相关的税负影响测算，主动识别排查潜在的风险点，并就待明确事项与税务机关或专业机构保持必要的沟通。而在享受政策利好的同时，我们也建议相关主体重点关注13号公告在以下若干方面的具体影响：

对于符合条件的居民企业股东而言，13号公告的出台固然能够满足相关股东适用特殊性税务处理，免于确认股权转让所得的意愿；但对于合并（分立）企业和被合并（被分立）企业，由于需要根据达成一致的股东持股比例计算确认有关资产和负债的计税基础，及其转让所得或损失，因此其核算的复杂性可能有一定程度的上升。从财务会计视角来看，若出现资产账面价值和计税基础之间的差异，还可能引发递延所得税等事项。此外，即使在重组日之后，企业仍需持续关注是否存在有关的合并（分立）企业股权转让可能导致达成一致的股东持股比例发生变化，甚至特殊性税务处理无法适用，并及时进行必要的与之相应的财税追溯调整。

在税务处理的具体适用层面，13号公告重点聚焦于如何计算确认被合并（被分立）企业的资产和负债的转让所得或损失，及其在合并（分立）企业的计税基础。但由于相关资产和负债处于部分适用特殊性税务处理、部分适用一般性税务处理的状态，两种不同税务处理并存可能会带来除上述事项以外的其他问题。比如，从一般性税务处理视角来看，企业合并将导致被合并企业按清算进行处理——在适用13号公告规则的场景下，如何对被合并企业作“部分”清算处理？在按有关股东的持股比例部分确认资产和负债转让所得或损失的基础上，是否需要再将企业的资产和负债按前述比例对适用一般性税务处理的股东视同分配处理等等，13号公告并未明确提及。

另一方面，特殊性税务处理的内涵也并不局限于计税基础的递延以及重组环节免于确认转让所得——以合并为例，59号文规定，适用特殊性税务处理的，被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。包括亏损弥补、尚未确认的资产损失等在内的所得税事项都可能因特殊性税务处理的适用而转移至合并企业。在13号公告的场景下，是否以及如何将被合并企业的相关所得税事项按有关的持股比例“部分”承继至合并企业，同样有待明确。

此外，包括重组后被合并（被分立）企业股东转让合并（分立）企业股权的，如何具体认定其是否转让了通过合并（分立）业务取得的股权，并相应折算调整被合并（被分立）企业达成一致的股东持股比例等，都可能成为潜在的争议风险点。

尽管13号公告并不要求所有股东对企业适用特殊性税务处理达成一致，但实践中协调管理包含一定数量股东的群体行为仍然可能具有难度。尤其需要注意的是，即使一项合并分立业务在重组日符合适用特殊性税务处理的条件，且企业已经进行了特殊性税务处理，但重组后12个月内股东的股权转让行为可能导致特殊性税务处理无法适用，并产生追溯调整的义务。如果有关股东未能及时知晓其他股东的上述股权转让行为及其对特殊性税务处理的不利影响，便可能因此违规适用特殊性税务处理，从而带来税务风险。相关企业及其股东需要考虑如何对重组后可能影响特殊性税务处理的股权转让行为实施有效的跟踪与相应的风险管理，必要时可能需要通过协议对有关股权转让行为导致的额外税务成本等事项作出损失补偿的约定。

随着国内多层级资本市场的成熟与完善，企业并购重组的参与主体类型也日益丰富。虽然13号公告明确将自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业纳入了合并、分立业务股东范围，但公告相关规则仅针对居民企业的所得税事项，对于上述类型股东的所得税事项仍按现行规定处理。相较于公司制企业，其他类型市场主体在资本税制方面似乎还存在更多发展的空间。以自然人为例，个人所得税领域尚未引入与企业所得税类似的特殊性税务处理概念。而围绕其他类型主体，实践中亦存在一些长期以来的未决事项，例如合伙企业参与重组业务，是否能够逐层“穿透”至自然人合伙人或法人合伙人进行所得税处理等。在降低制度成本、提升市场活力的背景下，关于公司制企业以外的其他类型市场主体参与并购重组的所得税处理规则将如何优化完善，值得重组交易各方持续关注。

注：

¹境内企业重组适用特殊性税务处理需要满足的条件包括：重组具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合规定（如股权收购业务中，收购比例不低于50%）；重组交易对价中涉及股权支付金额符合规定比例（不低于85%）；企业重组后连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。

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