2026年7月，国家税务总局发布13号公告，优化合并分立重组所得税征管规则，核心变化包括（1）细化“股东一致性”规则，允许部分股东适用特殊性税务处理；（2）扩大重组股东类型至合伙企业、契约型资管产品、非居民企业；（3）一般性税务处理部分引入“10年均摊差额”简便办法；（4）强化12个月股权锁定期和合计持股比例门槛。实务中，适用特殊性税务处理需关注股东结构变化、监控锁定期、综合评估摊销方法、关注13号公告中对于非居民和合计持股的相关规定，并考虑在交易文件中嵌入一致性同意函与追偿条款。

2026年7月，国家税务总局发布2026年第13号公告（以下简称“13号公告”），对合并分立企业重组的企业所得税的征管规则进行了重要优化。这是继财税〔2009〕59号文（以下简称“59号文”）、国家税务总局2010年第4号公告（以下简称“4号公告”）、财税〔2014〕109号文、国家税务总局公告2015年第40号、国家税务总局公告2015年第48号（以下简称"48号公告"）以来，企业重组所得税领域最具实质性的政策更新之一，标志着我国在企业重组税收管理方面迈出了更加务实、灵活的一步。本文将重点解读13号公告带来的主要变化，以及运用在企业重组中需要关注的税务风险。

13号公告在59号文的框架基础上，针对重组中的企业合并、分立业务的企业所得税处理作出关键调整，核心突破在于引入“部分适用特殊性税务处理”机制，将一致性要求的范围从“全体股东”放宽为“部分股东”，并建立起分层分类的适用规则。

第一，细化“股东一致性”规则，允许部分股东适用特殊性税务处理。此前，特殊性税务处理要求重组各方全体股东就适用特殊性税务处理达成一致。实践中这一要求门槛过高，尤其是在股东人数众多、股东类型复杂的重组交易中，单一股东因反对或不满足条件导致的不一致处理即可导致整个交易无法适用特殊性税务处理。13号公告突破了“全体一致”的束缚，允许合并、分立业务在满足一定持股比例条件的前提下，部分股东适用特殊性税务处理、部分股东适用一般性税务处理，从而大幅提升了重组税务处理的灵活性。

第二，参与重组股东类型范围扩大。48号公告中已经明确自然人可以作为特殊性税务处理中的相关股东。13号公告进一步规定，合伙企业、契约型资管产品、非居民企业也可以作为合并、分立业务的相关股东，并按各自适用的现行所得税规定处理，但其税务处理方式不影响居民企业股东适用特殊性税务处理。这一调整解决了长期以来未清晰明确的重组相关方主体类型问题，打破了主体类型限制，与当前企业股东结构多元化的特点更为匹配，让重组税务处理更贴合实际。

第三，对适用一般性税务处理的部分，引入“10年均摊差额”的简便方法。13号公告第一条第二款创设了一项新的制度：合并（分立）企业对于适用一般性税务处理取得的资产和负债，可选择按该资产和负债的原计税基础确认计税基础，并将对应的公允价值和原计税基础之间的差额，单独作为一项资产，自重组日所属年度起分10年均匀在税前摊销扣除。这一可选项安排显著降低了企业的核算负担，无需逐项按比例分别针对每项资产单独计核定计税基础，对资产类型和数量庞大的大型合并尤为实用。

第四，为防止企业通过重组规避税收义务，公告明确了股权锁定要求：持股不低于5%的居民企业股东及前十大居民企业股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。若上述股东在12个月内转让股权，将不再符合特殊性税务处理条件，当事各方已进行的特殊性税务处理需按规定进行调整。此外，除上述股东外，其他达成一致的居民企业股东，若在重组后12个月内转让股权，导致达成一致的合计持股比例低于50%，也将使得当事各方丧失特殊性税务处理资格，相关税务处理需重新调整。

如上所述，13号公告在政策设计上非常值得肯定。而企业在实际运用过程中，仍需对若干要点进行细致分析，规避在政策落地层面出现不必要的实施风险。

建议企业在选择特殊性税务处理之前，细化重组方案，尤其是针对各股东的股权比例计算要更为明确。针对重组过程中可能导致的股东持股结构变化带来的政策判断，明确需要达成一致意见的股东都涉及哪些居民企业，降低实施风险。

另外， 合并交易完成后，原被合并企业的股东获取合并企业（存续企业）的股权支付，其在合并企业的持股比例将发生变化（稀释）。未来追踪监控持股比例变化时，需要按照选择特殊性税务处理的各居民企业股东在合并企业（存续企业）的持股按比例计算变化幅度，而不是简单的直接去套用合并企业股权比例50%的门槛。

此外，针对锁定期内因继承、赠与、司法强制执行等非自愿原因发生的股权变动是否同样触发补税义务，公告亦未作出区分。实操中业务要关注后续税务机关对该问题的进一步解释。

10年摊销简便方法的制度设计是为不符合特殊性税务处理的或选择一般性税务处理的部分对应的纳税调整提供简化的核算方式，避免了逐项资产按公允价值重新计量的复杂核算工作。

不过，企业仍需结合自身具体情况，审慎评估是否选择适用该方案。例如，十二个月之后如果企业存在个别资产希望处置的情况，选择10年摊销简便方法与否可能使得处置资产的计税基础产生差异，造成当期应纳税额的差异。企业也要注意，13号公告明确该方法一经选择，不得改变。因此，这不是一个可以事后随意调整的便利工具。企业在选择前，应当结合资产结构、未来盈利能力、折旧摊销安排、重组后资产后续处置的安排等进行综合评估。

13号公告对企业重组所得税处理具有积极意义，确实为居民企业带来了更灵活的税务处理空间。但需要注意的是，13号公告在一致性条款中使用了"居民企业股东"的表述，实质上将合并、分立重组的适用语境限定在居民企业范围。在旧规框架下，59号文关于合并、分立的条款并未明确排除非居民企业适用特殊性税务处理的可能性。虽然59号文第7条专门针对跨境重组设置了特殊规则，但第7条的适用场景有限（理论上说仅涵盖股权和资产转让），并不覆盖合并、分立等重组类型。涉及非居民企业的合并、分立交易，在旧规下存在援引59号文一般条款争取特殊性税务处理的解释空间。但新的13号公告对于非居民企业而言，不仅意味着新规红利无法享受，更可能意味着此前通过一般条款争取合并分立业务特殊性税务处理的通道可能被关闭，只能回归59号文第7条的有限适用范围。

另外，在13号公告的三项一致性条件中，要求“合计持股比例超过50%的居民企业股东须与企业达成一致”。当被重组企业的居民企业股东合计持股比例本身不足50%时，即便某居民企业股东持股比例达到5%以上、或位列被重组企业前10大股东之列，也无法单独享受特殊性税务处理，全部回归一般性税务处理当期确认所得。而此前4号公告第4条对一致性的要求表述为“同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理”，未对任何一类股东设定最低合计持股比例门槛。在59号文框架下，即便居民企业股东合计持股低于50%，只要全体居民企业股东和自然人股东就适用特殊性税务处理达成一致，整个交易居民企业仍可适用特殊性税务处理。换言之，旧规的触发条件是"全体一致"这一行为要件，而非某一类股东的持股规模要件。而13号公告对于居民企业股东合计持股比例超过50%这一持股规模要件的新要求值得在重组方案设计中予以充分关注，与主管税务机关进行沟通确认。

因此，建议企业在方案设计阶段对适用路径进行前置评估。如果交易类型为合并或分立，需充分预期特殊性税务处理是否可以适用，并将当期纳税成本纳入交易定价和对价分配的考量。

结合13号公告的规则变化，企业在设计股权收购协议（SPA）或股东协议（SHA）时，应前瞻性地将以下税务条款纳入交易文件，以锁定特殊性税务处理的适用基础并管理相关风险：

首先，结合13号公告的条件，股东一致性条款的精确嵌入。 13号公告将一致性要求细化为三项并行条件，协议中应当逐一对应设置承诺机制，需要享受特殊性税务处理的股东签署必要的一致性同意函。

其次，约定12个月锁定期条款与税务追偿机制。 13号公告规定，享受特殊性税务处理的股东在重组后12个月内不得转让所获股权，否则须补缴税款及滞纳金。协议中应设置锁定期转让限制条款，明确约定各股东在锁定期内不得转让、质押或以其他方式处分所获股权，违反者须向其他当事方承担违约责任；另外也可以考虑设置税务追偿条款，约定若因某一股东的锁定期内转让行为导致不符合条件条款触发如何进行责任划分，补偿等。此外，对于锁定期内因继承、赠与、司法强制执行等非自愿原因发生的股权变动是否同样触发补税义务，13号公告未作区分，协议中宜就此设置陈述与保证条款及风险分担安排等。