对于一个公司、企业乃至取得经营收入的个体工商户或者其他个人而言，面临税务稽查并不意外。那么，纳税人被税务稽查的原因，主要有哪些呢？

一、发生税收预警

（一）税负率异常

比如说，在一个地方，相同行业，规模差不多，人家增值税税负率5%了，您公司仅仅只有1%，那税务局肯定要看看了，究竟是少缴了，还是确实应纳税额就是这些，这可能就被选中进行检查了。

再比如，即使同一个企业，税负率在各个期间（年度、季度或者月度）变动较大，也会引起关注的。

（二）数据比对异常

比如说，企业所得税申报“工资薪金支出”5000万，但是申报代扣代缴个人所得税的工资薪金才2000万，又比如增值税销售额与企业所得税收入额差别较大，再如大额往来款项余额长期挂账，存货变动异常而收入金额明显偏低，明明存在房屋、土地增加或者减少但未涉及相应契税、印花税、土地增值税等，这些都可能引起税务稽查。

另外，“长亏不倒”、所谓“大额现金交易”等，通常也会认为不正常。

二、特定行业、领域重点稽查

一般来讲，每年稽查系统都会确定某几个行业或者某些领域，作为当年稽查办案重点。

比如2025年4月1日，国家税务总局稽查局在年度税收治理专题会议上宣布，即日起启动覆盖全国的税务专项整治行动，剑指发票管理、出口退税、土地增值税清算、稽查规范化、信息化建设、违规风险应对、涉税中介勾连等七大领域。

三、案件协查

这个最常见的就是发票协查，尤其是增值税专用发票，而其高发领域，则包括成品油（这个不光涉及增值税，还经常涉及消费税，即“变名开票”之类）、建筑、劳务服务（人力资源外包、劳务派遣）等。若上游企业被查实涉及虚开增值税专用发票，或者下游企业被查到接受虚开发票等，则相应地会对其上游企业、下游企业进行追溯处理，并发函协查；而受托方税务机关发现存在疑点，则会立案开展检查。

再就是如果存在关联关系，涉及关联交易，如果没有按照市场公允原则计价、计税，涉及税负转移甚至税负降低，税务机关也会依法处理。

四、举报案件

对于这种案件，举报者多为同行业竞争对手、内部员工或者公司股东、离职人员等，因为这些人往往掌握比较详实的线索甚至证据，税务机关受理举报后也需要依法立案检查。并且，这种案件，税务机关受到多重监督，被查对象如果存在涉税问题，自然难免需要补税、缴纳滞纳金以及罚款，甚至面临更加严重的法律责任了。

五、随机抽查