2025年企业所得税汇算清缴正在进行中！国家税务总局数据显示，2024年因汇缴不合规被查处的企业平均补税罚款超200万元。同时根据最新2025 年第 1 号文件，企业所得税汇算清缴系统也已经更新。
本文结合最新税务系统规则，拆解企业所得税汇算清缴8大高频预警指标及应对策略。
01
企业所得税汇算清缴高危预警指标
01 预警标准与税负率相关
例如：企业实际税负率<全省全行业平均税负率的70%，或企业上年同期税负率/本年同期税负率＜70%。
1.可能被怀疑存在应税收入未及时申报、多列支成本费用、关联交易定价不合理等问题。
2.企业应定期对税负进行比对分析，若出现税负率明显偏低或大幅下降等异常情况，需从经营情况、销售模式等因素入手，结合收入与成本费用结构，分析指标异常原因，准备合理解释并充分证据。
02 多税种数据勾稽异常
企业所得税与增值税、个税、房产税等申报数据紧密相连，企业要关注不同税种间关键数据的对比：
1.增值税销售额与企业所得税收入对比
2.个税工资总额与企业所得税工资扣除额对比
3.从价计征房产税原值与固定资产房产账面原值对比
4.货物采购+销售金额与购销合同印花税对比、费用支出项目与印花税对比
注意：若发现关联数据偏差较大，应核实清楚原因，提前防范税务风险。
03 预缴与汇缴差异预警
风险预警：预缴所得税金额低于汇缴所得税金额的 70%(即预缴所得税<汇缴所得税的 70%)，存在少预缴税款的可能性。
四季度预缴申报表中本期应纳所得税额+前三季度已缴纳所得税额，与《企业所得税年度纳税申报表(A 类)》中的实际应纳所得税额对比
04 财务指标异常
例如：企业销售毛利率、营业利润率、期间费用率、财务报表关联项目的弹性系数、往来款占资产总额比例、其他应付款发生额占营业收入比例等指标波动异常、数据勾稽不符合商业逻辑、偏离行业平均值等。
可能被质疑存在隐瞒收入、虚增成本费用、延迟纳税等问题。企业应定期监控财务指标状况，排查税务风险，对异常情况准备合理解释。
05 长期亏损或微利预警
例如：企业连续3年亏损且营业收入持续增长，或应纳税所得额长期接近“小微企业临界值300万”且营业收入规模大。
可能会被质疑人为调节利润、转移定价或虚增成本。
企业可从发展阶段、经营情况、投资策略、市场环境等因素分析长期亏损或微利是否与现状匹配，分析财务数据之间的配比关系是否合理，提前准备合理解释。因享受固定资产加速折旧、研发费用加计扣除等优惠导致亏损和微利的，核实是否符合要求，同时留存资料备查。
06 成本费用发票缺口大
当企业申报的成本费用（A）远大于根据发票推算的成本费用(B)时，将触发预警，表明部分成本费用可能在未取得合规凭证的情况下进行了税前扣除。
A=营业成本+期间费用
B=本期取得发票总额+工资+折旧或摊销额-存货、固定资产、无形资产、长摊增加额
企业应提前自查发票缺口，明确多少支出无需发票入账（如海外业务活动支出、公益性捐赠支出、向个人支付单次500元以下的支出等）、跨年取得发票。若存在无法解释的缺口，在规定时间内补票，因特殊情况无法补票的，做好业务资料准备，证明真实性。
07 应收账款异常预警
风险预警：当年新增应收账款大于销售收入的 80%，可能存在虚开发票，虚列成本风险。
重点比对：
1.应收账款 随《企业所得税申报表》报送的《资产负债表》中应收账款的期末余额-期初余额
2.销售收入 随《企业所得税申报表》报送的《利润表》中营业收入总额
08 营业成本与现金流量表的比对
预警指标：两者差异过大，存在虚列成本，少缴纳企业所得税风险
重点比对：
1.《企业所得税年度纳税申报表(A 类)》中的营业成本
2.随《企业所得税申报表》报送的财务报表中的《现金流量表》
02
企税汇缴全流程实战操作（2025最新版）
依据是国家税务总局公告 2025 年第 1 号，申报系统已经根据文件更新，以下整理了2025最新版操作指引。
建议大家在填报企业所得税汇算清缴之前，先报送一下2024年企业的年度财务报表。
正式进入填报界面！整体流程分为四步：确认企业基本信息--选择企业汇算清缴所用表单--填写申报表--提交申报。
Step 1：登录系统+填报《基础信息表》（A000000）
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核心作用：确定企业身份（是否小微企业、是否汇总纳税等）。
必填项：
1. 基本经营情况：资产总额（公式：季度平均值合计÷4）、从业人数（公式：季度平均值合计÷4）
2. 主要股东：非小微企业必填前5大股东信息。
避坑点：若“103资产总额”与财务报表不一致，直接导致小微企业标志错误！
Step 2：勾选申报表单
系统逻辑：根据A000000表信息自动勾选必填表，但需手动补充（如研发企业加选A107012表等）。
如上图所示，头条君勾选了常见的12账表，其中《企业信息》、《主表》、《补亏表》3张为系统默认项；
其余的表格，咱们要根据企业的实际情况，有啥事项就勾选什么申报，没有这类情况的不勾选即可！
Step 3：填报《主表》（A100000）
数据来源：利润表直接取数，但需注意：
1. 第13行“利润总额”：必须与财务报表一致，否则触发风险提示！
2. 第1行“营业收入”：需≥增值税申报收入（比对不符需写说明）。
填报顺序：先填主表，再填附表（附表一一填写好，数据自动带入主表）
比如，调整重点：
1. 业务招待费：按发生额60%与收入5‰孰低扣除；
2. 广告费：一般企业按收入15%扣除（化妆品、医药企业等是30%）
Step 4：填报《所得税弥补亏损表》（A106000）
新政影响：2024年后注销企业，未弥补亏损不得结转！
填报技巧：先填当年盈利，再自动带出可弥补亏损额。
企业所得税汇算清缴的9个填报注意事项
NO.1
企业所得税年度纳税申报表主表（A100000）第13行“利润总额”应与财务报表“利润总额”一致，基础信息表“103资产总额”平均值的计算公式中资产总额期初、期末值应与财务报表“资产总额”期初、期末值一致。
NO.2
一般情况下，企业所得税年度纳税申报表主表（A100000）第1行“营业收入”与第11行“营业外收入”的合计数，应大于当年度增值税申报年度累计销售收入。《企业基础信息表》（A00000）为必填表，只有在完整填报《企业基础信息表》（A000000）并保存后，方能进入下一步，增加其他申报表。
NO.3
一般情况下，房地产开发企业年度纳税申报表主表（A100000）第1行“营业收入”应大于或等于《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）第27行“销售未完工产品转完工产品确认的销售收入”金额。
NO.4
一般情况下，《职工薪酬支出及纳税调整明细表》第1行第1列“工资薪金支出-账载金额”不应为0。
NO.5
纳税人行业、财务会计制度备案、股东信息与实际情况不一致或者信息缺失的，应及时修改。
NO.6
《企业所得税年度纳税申报基础信息表》（A000000）中的“基本经营情况”为所有企业必填项目;“有关涉税事项情况”为选填项目，存在或者发生相关事项时的企业必须填报;“主要股东及分红情况”为小型微利企业免填项目，非小型微利企业必须填报。
NO.7
纳税人年度申报时，《企业所得税年度纳税申报基础信息表》（A000000）中“104从业人数”若与季度预缴申报表填报的全年从业人数平均值不一致，且导致小型微利企业标志发生改变的，应先更正第四季度预缴申报表。
NO.8
小型微利企业免于填报《一般企业收入明细表》（A101010）、《金融企业收入明细表》（A101020）、《一般企业成本支出明细表》（A102010）、《金融企业支出明细表》（A102020）、《事业单位、民间非营利组织收入、支出明细表》（A103000）、《期间费用明细表》（A104000）。除前述规定的表单、项目外，小型微利企业可结合自身经营情况，选择表单填报。未发生表单中规定的事项，无需填报。
NO.9
纳税人发生政策性搬迁事项，从搬迁年度次年起，至搬迁完成年度前一年度止，可作为停止生产经营活动年度，从法定亏损结转弥补年限中减除。《企业所得税年度纳税申报基础信息表》（A000000）中的“216发生政策性搬迁且停止生产经营无所得年度”应为“是”。
以上就是关于2025年企业所得税汇算清缴的详细解读与操作指引。在复杂的税务环境中，企业需要专业的支持来确保合规与高效。
