答疑意见：

我们认为，因公共利益需要有偿收回国有建设用地使用权，原土地使用权人获得的补偿金，原则上应当免征土地增值税。

根据《土地增值税暂行条例》第8条第2项、《土地增值税暂行条例实施细则》第11条第3款的规定，因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征收的房产或者收回的土地使用权，免征土地增值税。该规定中“因城市实施规划、国家建设的需要”可以理解为“基于国家建设等公共利益需要”。在此情形下，行政机关与当事人签订《国有土地使用权收回补偿协议书》，应视为收回土地使用权的行为，而非《土地增值税暂行条例》第2条规定的“转让国有土地使用权”的情形。

根据《税收征收管理法》第52条第1款、《税收征收管理法实施细则》第80条规定，因税务机关适用税收法律、行政法规不当或者执行行为违法，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金；超过三年的，则税务机关不能追征。