分公司注销的时候，由于属于总公司的一部分，因此债权债务、以及分公司留存的未分配利润等需要由总公司来承接，具体是否需要缴纳个税，需要看看并入总公司后是正数还是负数？若是正数，则需要先按照实收资本中自然人股东占比来计算股息分红所得的20%的个税。最后剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失，这部分超过的所得应按照财产转让所得，缴纳20%个人所得税。

注意：

1、分公司注销的账务处理：

　借：其他应付款—总公司 600万元

　　      应付账款            400万元

　 贷：银行存款                 400万元

　　    应收账款                   200万元

　　    本年利润                   100万元

　　    利润分配-未分配利润        300万元

2、总公司做账务处理:

　　借：银行存款 400万元

　　      应收账款    200万元  

　　      本年利润    100万元

　　      利润分配-未分配利润 300万元

　　贷：其他应收款—分公司 600万元

　　      应付账款        400万元

参考：

根据《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）规定，企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。