登录新电子税局后，小规模纳税人可以通过以下三种功能路径办理增值税及附加税费申报。
在首页“我的待办”-“本期应申报”模块，点击【填写申报表】。
点击【我要办税】-【税费申报及缴纳】-【增值税及附加税费申报（小规模纳税人）】。
通过首页搜索栏输入关键字查找出的“增值税及附加税费申报（小规模纳税人）”进入办税功能。
目前系统有确认式和填表式两种申报模式，系统会根据纳税人业务复杂程度自动匹配推荐的申报模式：一是针对业务简单的，系统会自动推荐确认式申报（也可以重新选择填表式）；二是针对业务复杂的，系统会自动推荐填表式申报。
当纳税人涉及的业务简单时，系统会根据纳税人开具发票的信息自动预填收入并计算税（费）结果，纳税人只需要对预填的收入以及税（费）结果进行确认。
若因存在未开票收入导致销售收入与实际经营不符，应根据收入的性质点击【货物及劳务销售额】或【服务、不动产和无形资产销售额】输入框分别进行补录。
点击【货物及劳务销售额】输入框，进入货物及劳务未开票收入补录，纳税人根据实际经营情况编辑完成后点击【确定】。
点击【服务、不动产和无形资产销售额】输入框，进入服务、不动产和无形资产未开票收入补录，纳税人根据实际经营情况编辑完成后点击【确定】。
如果需要修改其他数据，点击右上方【我要填表】切换到填表式申报模式，对数据进行修改，修改完成后，可以点击【预览表单】对报表数据进行检查。
确认数据无误后，点击【提交申报】，纳税人需要对本次申报的结果进行信息确认，按照提示依次点击“真”“实”“责”“任”补全声明信息后，点击【确定】即可提交申报。
当系统判定纳税人涉及的业务复杂时，会直接进入申报表表单填写页面，并根据企业开具的发票信息自动预填数据，若纳税人需要修改数据，可直接对主表数据进行修改。
在附列资料二“附加税费情况表”中，系统会自动带出对应的“六税两费”减征比例及减征额且无法修改。
若纳税人还享受其他减免政策，可以手动在附表“增值税减免税申报明细表”中，填写对应的“减税项目”和“免税项目”。
确认无误后，点击【提交申报】，若系统出现“是否立即提交申报表？”提示，可点击【确认提交】直接进行申报；也可以点击【返回修改】，根据左下角（橙色）提示对表单内容进行修改。
若系统出现“填写校验不通过，请先修改申报表”提示，则必须根据左下角（红色）提示正确修改表单内容后，才能提交。
申报提交后，若系统出现“提示类申报比对不通过”，可以根据提示点击【修改报表】；也可以点击【强制提交】，比对不通过数据会形成后台记录，可通过更正申报表，清除比对异常记录。
若系统出现“强制类申报比对不通过”，可以根据提示点击【修改报表】；也可以点击【强制提交】，但会产生申报比对异常转办事项，流转至税务人端，纳税人需跟踪比对异常处理情况，否则会影响发票开具等事项办理。
申报成功后，可看到本期税款，查验金额无误后，点击【立即缴款】完成本次申报涉及的税费款缴纳。
如暂不缴纳，后期可以通过首页【我要办税】-【税费申报及缴纳】-【税费缴纳】进行缴款，请注意缴款期限，若超过缴款期限，系统会自动产生滞纳金。
