海关特殊监管区域是经国务院批准，设立在国境内，赋予承接国际产业转移、联接国际国内两个市场的特殊功能和政策，由海关为主实施封闭监管的特定经济功能区域。从上世纪90年代开始，我国先后探索了保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区、综合保税区等六类形态。截至2020年底，全国31个省级行政区共有海关特殊监管区域160个。其中，保税区9个，综合保税区147个，出口加工区1个，保税港区2个，珠澳跨境工业区(珠海园区)1个。截至2020年底，全国有进出口数据的综保区共计92个，合计进出口总值3.43万亿元，最高值5492亿元，中位数85.87亿元，最低值4.14亿元。综保区在稳外贸、稳外资、稳就业，克服新冠肺炎疫情影响、促进经济平稳向好上贡献巨大；但同时也凸显出全国各区域综保区正在经历非均衡发展的阶段，中西部综保区与东部综保区发展水平差距较大，实现全国各区域综保区由不平衡不充分发展向高质量发展转变任重道远。

1990年5月，国务院在浦东新区批准设立了我国第一个海关特殊监管区域——上海外高桥保税区。由关境进出外高桥保税区的商品、区内企业交易商品均需由海关登记备查，在区内和国内非保税区内进出商品按照传统方式监管。区内企业从国外进口加工后出口的基础材料等可以享受保税政策，即缓征关税，若成品出口则不征税并享受退税政策，若成品销往国内则征税。

2000年4月，国务院批复了15个出口加工区；同年10月，昆山出口加工区成为国内第一个出口加工区，率先封关运行。出口加工区仅仅具有加工功能，是专门用于制造、加工、装配出口商品的特殊工业园区，仅适合“大进大出、两头在外”的大批量业务，与加工功能无关的业态不允许区内出现。出口加工区定位为“境内关外”监管模式，实现了与保税区在税收政策上最大的区别。

2003年12月，国务院在上海外高桥保税区内设立了保税物流园区，将保税区的保税仓储与港口装卸、运输功能优化整合，实现了保税区与港口的一体化运作。保税物流园区赋予了国际中转、配送、采购、转口等功能；推行“一线放开、二线管住、区内自由、入区退税”政策。

2003年12月，为促进大陆和澳门经济互助，保证澳门长期稳定繁荣，珠澳跨境工业区设立。园区实行保税区、出口加工区出口退税，设有24小时通关专用口岸，具备了制度优势、毗邻港澳地理优势，主要开展工业运营、国际物流、转口贸易、会展经济等业务。

2005年6月，国务院批复设立上海洋山保税港区，具有口岸、物流、加工等功能，探索了保税港区的发展模式，构造了中国海关特殊监管模式的雏形。保税港区采用了封闭监管和监测，建立了企业诚信档案评级机制，创建了多功能的物流监控系统，实现了电子化网络监管。保税港区主要集中于东部沿海，是贸易自由便利化的先行区，是物流中心、航运中心、金融开放中心，推动了经济社会发展。

2015年8月，《关于印发加快海关特殊监管区域整合优化方案的通知》(国办发〔2015〕66号)正式提出，“逐步将现有出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及符合条件的保税区整合为综合保税区。”

2016年12月，国务院批准设立了苏州工业园综合保税区，具有保税港区的全部功能(突破了保税港区必须设立在沿海的弊端)，这类模式将港口和保税区、出口加工区、保税物流区的功能进行融合，实现了运行和监管重大突破。综合保税区具有保税加工、保税物流、货物贸易、服务贸易、虚拟口岸五大功能，享受税收、海关监管、加工贸易、检验检疫、外汇管理等相关优惠政策，成为我国开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域。2019年以后，大量海关特殊监管区域优化整合为综合保税区。

全国各综合保税区所在地市在实践过程中不断创新、健全综合保税区管理的体制机制，根据开发区和综合保税区在同一区域、功能定位、发展目标和建设要求各有侧重的实际，基本形成了与开发区统一领导、分工负责、协调推进的工作格局。2019年1月，《国务院关于促进综合保税区高水平开放高质量发展的若干意见》正式颁布，肯定了各地市综合保税区的诸多实践措施，并对综合保税区创新发展起到了指引性规范。该意见明确了综合保税区作为国家开放型经济平台，要全力发展对外贸易、吸引外商投资、促进产业转型升级，建设国家改革开放新高地。

2020年4月，海关总署、国家发改委、财政部、自然资源部、税务总局、市场监管总局、外汇局等八部委共同研究制定的《综合保税区发展绩效评估办法(试行)》出台。连同2013年12月出台的《综合保税区审核设立指导意见(试行)》《海关特殊监管区域退出管理工作规程》，形成了三驾马车的管理模式，建立起了设立、监管、退出的管理闭环。

海关特殊监管区域合法性面临挑战。海关特殊监管区域从上世纪90年代至今已经经历了30余年的曲折实践，探索的6种发展模式最终将全部优化整合为综合保税区，其建设和发展主要依靠政策或文件的方式进行规定，缺乏国家层面的法律法规对海关特殊监管区域的基本方面做出规定。海关特殊监管区域建立起了设立、监管、退出的闭环管理模式，是海关总署发布的部门规章制度，缺少法律法规性授权；海关特殊监管区域管理机构大多是当地政府的派出机构或者是当地开发区管委会的组成部门，行政主体地位不明确，削弱了海关特殊监管区域的规范性和权威性。

海关特殊监管区域人事制度面临挑战。目前，多数海关特殊监管区域人事制度较为僵化，公务员、事业编、合同制、劳务派遣等多种用人方式同时存在。海关正式工作人员为公务员，特殊监管区域工作人员多为事业编、合同制和劳务派遣，海关协勤工作人员多为合同制和劳务派遣。事业编、合同制、劳务派遣是用人方式的主流，但由于用人自主权约束，人员编制和身份模糊、职业发展通道受阻等现象十分明显，统筹好这些人才的职业发展、薪酬待遇、奖惩机制，真正激发各类人才积极性，是海关特殊监管区域体制机制改革亟待解决的问题。

海关特殊监管区域面临公平性挑战。海关特殊监管区域“境内关外”的运行模式中，运动员是地方政府、属地海关和税务等八部门、入区企业，裁判员是海关总署，海关监管部门属于既当运动员又当裁判员，这种情况在高新区、经开区等运行管理中是不曾出现的。之所以采取海关总署起草法律法规和规章制度，国务院只是在审议阶段做个别修改、微调的模式，是因为海关作为监管部门具有专业性和实践性双方面的优势。海关特殊监管区域在运行管理中不可避免地附带过多的部门利益，运行管理的科学性公正性很难保证。

运行制度规范化的过程也存在着起草部门和其他部门、入区企业的利益博弈。起草部门在修改运行规章制度时，难免会从部门立场出发，将部门思维和利益带入制度运行中。在实际运行中，也会出现强势部门借助制定规章制度扩展部门权益规避部门责任的行为，从而危害了运行制度的权威，使海关特殊监管区域受到公平性争议。随着我国海关特殊监管区域统一优化整合为综合保税区，在运行管理和监管制度规范方面真正实现公平公正，是海关特殊监管区域运行制度改革亟需解决的问题。

综保区，是由海关总署负责考核推进，参照有关规定对进行管理、执行的税收优惠、贸易管制、保税监管、外汇政策，将港口和保税区、出口加工区、保税物流区的功能进行融合，进行运行和监管的区域。自贸区，是由商务部负责考核推进，以优惠的税收和特殊的海关监管政策为主要手段，以实现贸易自由化为主要目的的经济特区。综保区一般会在自贸区内的海关特殊监管区内设立，可以借鉴自贸区经验复制推广自贸区政策，实现自身转型升级。目前，综保区和自贸区由于分属不同部门主管考核和推进，在体制机制建设、功能设定、经验复制推广等方面亟需建立精简高效的管理运行机制。

综合保税区是海关特殊监管区域全面整合优化的最终形式，在国际贸易环境变幻莫测、国际国内双循环开启的特殊时期，要紧扣高水平开放高质量发展的原则，切实解决体制机制等方面存在的问题，实现国内国际双循环、促进我国经济实现全方位开放发展。

综保区的法定机构改革，要从国家和地方双重层面进行改革。尽快参考高新区、经开区，出台成型的国家综保区发展相关规章制度，对综保区定位、职责、权限、组织架构等方面做出统一规定；各地方政府则对发展较好的综保区实行“充分授权、独立运行、有效监督”等政策，探索综保区管理机构法定化治理模式，建立起与国际惯例接轨、与市场经济匹配的法律法规体系。

综保区管理机构和海关监管机构要从抓好人员选聘、改革考核方式、健全薪酬制度等方面进行人事激励制度改革。支持有条件的综保区打破公务员、事业编制、劳务派遣等身份界限，建立起人员能进能出、职务能上能下的竞争性选拔机制；支持推行全员绩效考核，并以此作为薪酬激励和职业发展的重要依据；支持依据考核结果优化分配机制，鼓励实行年薪制、绩效工资、协议工资等多种激励方式。

由于综保区“境内关外”的特殊运行模式，海关在运行管理制度制定和修改过程中既要体现公权力的运用，更要体现公共利益和法治原则的约束。综保区可以参考高新区、经开区制定运行管理制度，但制定和修改过程中不得限制或者剥夺其他组织和企业的权利、增加其他组织和企业的义务、扩张部门权益、减损或者转嫁自身的义务和职责。运行管理制度在制定和修订过程中要以座谈会、听证会、专家论证、第三方参与等多种形式，听取各地政府、园区企业和社会民众各方面的意见，增强运行管理制度的科学性和民主性，真正建立起公平公正的运行管理制度。综保区海关要聚焦主责主业，将园区运营管理移交综保区管理机构，主要负责综保区进出区货物管理；并要创新海关监管模式，推行“互联网+海关”建设，简化进出区管理，优化服务效能，提升通关便利水平，切实降低企业运行成本。

由地方政府主导，破解综保区和自贸区分属不同部门主管考核和推进的弊端，在监管模式、政策制度和辐射带动方面建立常态化联动机制，将综保区打造成自贸区开放发展的核心引擎。综保区不仅是借鉴自贸区经验、复制推广自贸区政策的区域；也是自贸区开放发展的核心引擎，为自贸区深化“放管服”改革探索经验。目前，自贸区的“放管服”改革在叠加了普通城市类似改革措施外，还具有一线放开、二线管住、自贸服务便利化等内涵；而在二线管住中，综保区处于核心地位。综保区要加大与自贸区的联动创新力度，积极围绕五大中心建设，在制度创新方面形成典型案例，辐射带动自贸区发展。