合伙企业有着其独特的法律特性，因此在股权激励、基金投资等领域通过合伙企业的架构去运作有着较多的应用场景。但对于接触合伙企业较多的人来说，合伙企业重复征税的问题是一个困扰已久的问题，当然，实操经验缺乏也可能导致这个问题被忽略了。我们来看个简单的案例：

某合伙企业有两个投资人吴某和过某，两个各出资100万，各占50%的份额。合伙企业将200万的投资款购买了一家公司股权。一段时间后，合伙企业购买的股权市场价值增长至1000万。同时，吴某将持有的合伙企业份额以500万的价格转让给张某（对于1000万股权的50%）。后合伙企业将公司股权以1000万价格出售后注销清算。

吴某转让合伙企业份额给张某时，需要按照财产转让所得纳税：（500-100）*20%=80万；

合伙企业处置股权时，合伙企业层面确认应税所得1000-200=800万，按照先分后税规则分摊给过某和张某各400万，过某和张某都需要按照生产经营所得纳税：400*35%-6.55=133.45万。

完税后合伙企业将400万实际分配给过某和张某时，无需纳税。

合伙企业注销清算时，分配给过某100万，过某收回投资成本100万，无所得；分配给张某100万，和其投资成本500万相比，确认投资亏损400万，因张某为自然人，该投资亏损无法用于弥补其他盈利。

这个案例就是合伙企业典型的重复纳税问题，就处置股权400万所得，吴某和张进行了重复纳税。上述案例，如果改为吴某先退伙，张某再入伙的方式，仍然存在类似重复纳税问题，本文不再累述。

笔者在另一篇文章中做了更加详细的阐述（详见：自然人谨慎购买合伙企业份额——皆谈合伙企业计税规则）。归根到底，重复征税的原因主要有两个，一个系目前合伙企业的税制对于合伙企业计税基础的确认规则尚不完善，另一个是我国尚未建立自然人亏损结转弥补规则。笔者给出两个常规性的解决方案，用以解决上述重复征税问题：

解决方案一：

吴某在退出前，由合伙企业把吴某对应的50%股权股权先行出售，取得400万所得先行分摊分配给吴某，并由吴某完税后再行转让给张某。且这个时候，张某购买吴某合伙企业份额的价格就只要100万了。同时约定未来合伙企业处置股权的收益，其中400万以内的归属于过某，超过400万以上的收益由过某和张某按比例享受。

这个方案最大的问题在于合伙企业出售股权在实务中并非一定可行，该案例中合伙企业只投资了一家公司股权，现实中合伙企业可能投资了很多数量、很多类别的资产，由合伙企业处置归属于拟退出合伙人对应的资产，实务中操作性是比较差的。

解决方案二：

吴某向张某转让合伙企业份额时，仍保留一点其在合伙企业的份额（例如0.01%），即吴某将其持有的49.99%份额给张某，转让价格为100万，同时修改合伙协议约定未来股权处置时，其中400万收益仍然归属于吴某，由吴某自行纳税；超过400万以上的收益由过某和张某按比例享受。吴某取得收益后，再行对0.01%的份额退伙，实现完全退出。

这个方案最重要的点系在合伙企业里保留吴某合伙人的身份，确保其在转让合伙企业份额后仍拥有对应资产的收益权，将新老合伙人的收益分割，从而在新老合伙人之间将纳税义务也进行分割。

这个方案有个问题，就是吴某退出时，希望可以即时取得对应收益400万的现金流，如果需要等到后期股权处置时方可落袋，实务中仍会影响交易达成。笔者建议，可以通过由张某以借款的方式把400万先行给予吴某，未来股权处置后再行归还给张某，实务中通过这种商务安排，配合设置相应的法律机制，应该是可以较好解决这个问题。

当然，以上两个方案仅是一般情况下的解决方案，实务中还会碰到转让完成后投资资产贬值等情况，建议要根据具体情况做具体的技术处理。