2.1.研发费用归集的三个口径及差异比较
目前研发费用归集有三个口径，一是会计核算口径，由《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》（财企〔2007〕194号）规范；二是高新技术企业认定口径，由《科技部财政部国家税务总局关于修订印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》（国科发火〔2016〕195号）规范；三是加计扣除税收规定口径，由财税〔2015〕119号文件、国家税务总局公告2015年第97号和国家税务总局公告2017年第40号规范。三个研发费用归集口径相比较，存在一定差异。
2.1.1.人员人工费用
差异：本项费用的会计核算口径大于加计扣除税收规定口径。加计扣除税收规定口径中可加计扣除人员人工费用归集对象是直接从事研发活动人员，分为研究人员、技术人员和辅助人员三类。研究开发人员既可以是本企业的员工，也可以是外聘研发人员。外聘研发人员是指与本企业或劳务派遣企业签订劳务用工协议（合同）和临时聘用的研究人员、技术人员、辅助人员。而高新技术企业认定口径中人员人工费用归集对象是直接从事研发和相关技术创新活动，以及专门从事上述活动的管理和提供直接技术服务的科技人员，并且在企业累计实际工作时间在183天以上。
例如：高新技术企业如果存在累计工作时间未达到183天的直接从事研发活动的研发人员，其发生的工资薪金等费用，不计入高新技术企业研发费口径，但该部分人员从事研发工作所发生的工资薪金等费用可以享受加计扣除税收优惠，企业应注意将该部分人员费用按照会计核算受益原则计入研发费用。
2.1.2.直接投入费用
差异：本项费用几个口径的主要差异在于房屋的租赁费、运行维护、维修等费用是否归集。对高新技术企业认定口径，房屋等固定资产的运行维护、维修等费用不计入，通过经营租赁租入的用于研发活动的固定资产租赁费计入高新技术企业认定研发费口径；房屋等固定资产的租赁费、运行维护、调整、检验、维修等费用不计入加计扣除税收规定。
例如：企业以经营租赁方式租入的办公场所、实验室、试制车间等能合理分摊研发项目与非研发项目，其租金可计入高新技术企业认定口径的研发费用范畴，但不可享受加计扣除。
2.1.3.折旧费用与长期待摊费用
差异：房屋折旧费不计入加计扣除税收规定口径。此外，在用建筑物的折旧费，研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用等可计入高新技术企业认定口径，但不计入加计扣除税收规定口径。
2.1.4.无形资产摊销
差异：高新技术企业认定口径的研发费用包含“知识产权”摊销而加计扣除税收规定口径的研发费用包含“专利权”摊销,二者存在一定差异。
2.1.5.设计试验等费用
差异：高新技术企业认定口径的研发费用包含装备调试费用和试验费用，而加计扣除税收规定口径的研发费用范围限于正列举范围。
2.1.6.其他相关费用
差异：加计扣除税收规定口径及高新技术企业认定口径的研发费用范围中对其他相关费用总额有比例限制，并且加计扣除研发费用范围限于正列举范围。
2.2.各阶段研发费用归集
2.2.1.立项阶段
由于不同领域对项目研发阶段划分可能存在差异。现就半导体及集成电路、高端装备制造、海洋经济、绿色低碳、生物医药、数字经济、现代工程技术、现代种业和精准农业、新材料、新一代信息技术几个领域研发中常见的立项、研究、开发和其他四个阶段发生的费用归集进行归纳概括说明，供企业参考。
一般情况本阶段主要涉及“市场调研”和“项目立项”两大环节。市场调研主要通过收集网络信息，查看新品信息；参加各类展会，走访客户，收集客户需求及市场动态，确定产品研发方向；项目立项是根据市场需求稳定，召集立项评审会委员进行技术可行性分析、技术路线分析、知识产权分析、人力规划、成本分析、时间规划、竞争对手产品分析及风险分析。立项评审通过后，正式立项。
针对以上几个领域企业本阶段涉及的加计扣除费用主要为人员人工费用和其他相关费用。数字经济领域除涉及人员人工费用、其他相关费用还会涉及折旧费用（电脑等设备的折旧费用）。
2.2.1.1.人员人工费用
指直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘研发人员的劳务费用。
A.直接从事研发活动人员包括研究人员、技术人员、辅助人员。研究人员是指主要从事研究开发项目的专业人员；技术人员是指具有工程技术、自然科学和生命科学中一个或一个以上领域的技术知识和经验，在研究人员指导下参与研发工作的人员；辅助人员是指参与研究开发活动的技工。外聘研发人员是指与本企业或劳务派遣企业签订劳务用工协议（合同）和临时聘用的研究人员、技术人员、辅助人员。接受劳务派遣的企业按照协议（合同）约定支付给劳务派遣企业，且由劳务派遣企业实际支付给外聘研发人员的工资薪金等费用，属于外聘研发人员的劳务费用。
B.工资薪金包括按规定可以在税前扣除的对研发人员股权激励的支出。
C.直接从事研发活动的人员、外聘研发人员同时从事非研发活动的，企业应对其人员活动情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
2.2.1.2.其他相关费用
指与研发活动直接相关的其他费用，如技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、分析、评议、论证、鉴定、评审、评估、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，差旅费、会议费，职工福利费、补充养老保险费、补充医疗保险费。
此类费用总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。国家税务总局2015年97号公告明确了该限额的计算：应按项目分别计算，每个项目可加计扣除的其他相关费用都不得超过该项目可加计扣除研发费用总额的10%。
加计扣除其他相关费用的简易计算方法如下：假设某一研发项目的其他相关费用的限额为X，财税〔2015〕119号文件第一条允许加计扣除的研发费用中的第1项至第5项费用之和为Y，那么X=（X+Y）×10%，即X=Y×10%/(1-10%)。
例：某企业2019年进行了二项研发活动A和B，A项目共发生研发费用100万元，其中与研发活动直接相关的其他费用12万元，B项目共发生研发费用100万元，其中与研发活动直接相关的其他费用8万元，假设研发活动均符合加计扣除相关规定。A项目其他相关费用限额=（100-12）×10%/(1-10%)=9.78万元，小于实际发生数12万元，则A项目允许加计扣除的研发费用应为97.78万元（100-12+9.78=97.78）。B项目其他相关费用限额=（100-8）×10%/(1-10%)=10.22万元，大于实际发生数8万元，则B项目允许加计扣除的研发费用应为100万元。
该企业2019年度可以享受的研发费用加计扣除额为148.34万元
[（97.78+100）×75%=148.34]。
2.2.1.3.折旧费用
指用于研发活动的仪器、设备的折旧费。（本阶段的折旧费用主要针对数字经济领域。）
A.用于研发活动的仪器、设备，同时用于非研发活动的，企业应对其仪器设备使用情况做必要记录，并将其实际发生的折旧费按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
B.企业用于研发活动的仪器、设备，符合税法规定且选择加速折旧优惠政策的，在享受研发费用税前加计扣除政策时，就税前扣除的折旧部分计算加计扣除。
2.2.1.4.不得加计扣除费用
A.允许扣除的研发费用范围采取的是正列举方式，即政策规定中没有列举的加计扣除项目，不可以享受加计扣除优惠，不得列入研发费用辅助账进行计算。本阶段如果发生业务招待费、办公用品费、通讯费不可以纳入加计扣除范围。
B.加计扣除人员人工费用归集对象是直接从事研发活动人员，只包括：研究人员、技术人员、辅助人员。行政和后勤保障人员工资薪金及“五险一金”、销售部门人员工资薪金及“五险一金”不能纳入加计扣除范围。
C.企业的市场调研活动不适用税前加计扣除政策，因此企业在市场调查活动中发生的相关费用作销售费用处理，不列入研发费用。
2.2.2.研究阶段
2.2.2.1.半导体及集成电路领域
本阶段主要涉及“芯片架构研究”和“芯片设计”环节。“芯片架构研究”包括对芯片单元特性研究、阵列结构研究、芯片设计架构研究，完成产品规格书定义及指标细化分析（包括芯片需求及指标细化、测试模块需求分析）；“芯片设计”包括芯片阵列设计、数字电路设计、模拟电路设计、测试工艺及测试平台设计，全芯片前仿真验证，版图设计、功耗分析、时序分析，全芯片后仿真验证等。
企业本阶段涉及的加计扣除费用主要为人员人工费用、新产品设计费、折旧费用、无形资产摊销费用和其他相关费用。可能发生的委托外部研发的研究设计费。
2.2.2.1.1.人员人工费用
同立项阶段人员人工费用。
2.2.2.1.2.新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费 、勘探开发技术的现场试验费
指企业在新产品设计、新工艺规程制定、新药研制的临床试验、勘探开发技术的现场试验过程中发生的与开展该项活动有关的各类费用。
2.2.2.1.3.折旧费用
同立项阶段折旧费。
2.2.2.1.4.无形资产摊销费用
指用于研发活动的软件、专利权、非专利技术（包括许可证、专有技术、设计和计算方法等）的摊销费用。
A.用于研发活动的无形资产，同时用于非研发活动的，企业应对其无形资产使用情况做必要记录，并将其实际发生的摊销费按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
B.用于研发活动的无形资产，符合税法规定且选择缩短摊销年限的，在享受研发费用税前加计扣除政策时，就税前扣除的摊销部分计算加计扣除。
2.2.2.1.5.其他相关费用
同立项阶段其他相关费用。
2.2.2.1.6.委托研发加计扣除
A.按照研发活动发生费用的80%作为加计扣除基数。委托境外研发的，委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用三分之二。委托境内个人研发的，应凭个人出具的发票等合法有效凭证在税前加计扣除，委托境外个人研发不得加计扣除。委托方委托关联方开展研发活动的，受托方需向委托方提供研发过程中实际发生的研发项目费用支出明细情况。
B.国家税务总局公告2015年97号规定，委托及合作研发的，需提供经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同留存备查。因此，经科技行政主管部门登记的委托、合作研发项目合同需留存备查。
