土地增值税是转让国有土地使用权取得收入的纳税人需要缴纳的一项税金。根据《土地增值税暂行条例实施细则》(财法字〔1995〕6号)第十六条规定，房地产企业纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。
一、特定情形不预缴土地增值税。根据土地增值税的规定，普通住宅的增值率未超过20%免征土地增值税，因此，对于房地产企业开发的有些类型的商品房可以不预缴土地增值税。如湖北省税务局规定：房地产开发项目中，对建造的政府廉租房、公共租赁住房等保障性住房、以及建造的限套型、限房价、限销售对象等“双限”、“三限”房屋，暂停预征土地增值税。
二、预缴土地增值税计税依据的确定。《财政部、国家税务总局关于营改增后契税房产税土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》(财税[2016]43号)规定：土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。另据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》(国家税务总局公告2016年第70号)规定：营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额；适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。因此，房地产开发企业在收到预收款时：1、一般计税方法下：预交土地增值税=预收款/(19%)*土地增值税预征率；2、简易计税方法下：预交土地增值税=预收款/(15%)*土地增值税预征率。为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》(国家税务总局公告2016年第70号)：为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。
如：某房地产开发企业开发A项目(开工日期在2016年5月1日后)，2020年7月销售普通住宅预收房款1090万元，根据当地的规定，土地增值税预征率2%。则:1、正常情况下，土地增值税预征税款计算：土地增值税预征的计征依据=不含增值税收入=1090/(19%)=1000万元，应当预交土地增值税税款=不含增值税收入*土地增值税预征率=1000*2%=20万元。2、为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算：应预交的增值税税款=1090/(19%)*3%=30万元，土地增值税预征的计征依据=1090-30=1060万元，应当预交土地增值税税款=1060*2%=21.2万元。
从上述结果来看，虽然计算简化了些，但预交的税款比正常计算的方法下要大。国家税务总局公告2016年第70号规定“为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算”，“可按照”上述方法进行计算，但在实务中，个别省市强制纳税人按照上述规定计算缴纳有些欠妥。
三、预缴土地增值税的税前扣除。《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发[2009]31号）第十二条规定，企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予当期按规定扣除。根据上述规定，房地产开发企业在项目清算前，按转让房地产取得的收入预缴的土地增值税，属于房地产企业发生的税金。预缴的土地增值税可在预缴年度税前扣除。
四、预交土地增值税的会计处理。沿用上例，该企业预交土地增值税20万元，则会计处理如下：
借：应交税费-应交土地增值税20万元
贷：银行存款20万元
待开发项目达到完工条件，相应的收入及成本结转损益时，将土地增值税转入税金及附加科目：
借：税金及附加20万元
贷：应交税费-应交土地增值税20万元
实务中，有的企业在预交土地增值税的同时就将其转入“税金及附加”，不符合权责发生制的要求和收入成本的配比原则。
五、税会差异的纳税调整。按照会计核算权责发生制的原则，预缴的土地增值税在收入未确认之前不确认损益，但在企业所得税上，预缴的土地增值税应当在实际缴纳的年度进行税前扣除，由此形成了税会差异，应当在收入确认年度追回调整，即于缴纳年度调减应纳税所得额，于收入确认的年度应调增应纳税所得额。
另外，在土地增值税清算时，清算应当缴纳的土地增值税与预缴的土地增值税之间又存在差异，预缴的土地增值税要么多预缴，要么少预缴，而缴纳的土地增值税是与收入配比，因此，对以前多预缴或少预缴的土地增值税严格的说应当要进行追索调整。但企业所得税只考虑土地增值税清算补缴所涉及的企业所得亏损弥补或退税的问题。根据国家税务总局公告2010年第29号等文规定，企业按规定对开发项目进行土地增值税清算后，当年企业所得税汇算清缴出现亏损且有其他后续开发项目的，该亏损应按照税法规定向以后年度结转，用以后年度所得弥补。后续开发项目，是指正在开发以及中标的项目。企业按规定对开发项目进行土地增值税清算后，当年企业所得税汇算清缴出现亏损，且没有后续开发项目的，计算出该项目由于土地增值税原因导致的项目开发各年度多缴企业所得税税款，并申请退税。土地增值税清算后计算企业所得税退税，应当以该项目缴纳的土地增值税总额，应按照该项目开发各年度实现的项目销售收入占整个项目销售收入总额的比例，在项目开发各年度进行分摊，具体按以下公式计算：各年度应分摊的土地增值税=土地增值税总额×（项目年度销售收入÷整个项目销售收入总额）。
