按规定土地增值税要清算，如果一个地产公司只有一个项目，且该项目只开发一期，那么清算单位的确定就很简单了。但现实中往往一个房地产公司会有很多项目，每个项目又要分很多期进行开发，那么清算单位的确定相对来说就要复杂一些。之所以要搞清楚这个问题，是因为清算单位的确定直接关系到企业的税负的高低。

《土地增值税暂行条例实施细则》规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目和核算对象为单位。这样的规定过于原则，在实际工作中很难把握，于是国家税务总局在出台的《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）中，对清算单位又做了进一步的明确。该通知第一条规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算。”显然该规定比《土地增值税暂行条例实施细则》要具体的一些，但也存在一些模糊不清的情况，核心是对“国家有关部门”的理解。因为房地产开发过程中需要批准的国家有关部门有很多。如发改委、规划局、城建局等，究竟应以哪个部门的许可为准？各地税务机关根据自己对187号文件的理解做出了不同的规定。大体可以分为三类。

1. 以规划部门颁发的《建设用地规划许可证》作为确定清算单位的依据。

但《建设用地规划许可证》只给出了土地的位置、范围、用地性质及其他相关的指标。至于房地产公司在这块土地上开发的项目是如何分期的，规划许可证并没有载明的。并且通常一个房地产开发项目只有一个《建设用地规划许可证》。以《建设用地规划许可证》作为清算单位，可能会因清算单位过大，清算过于复杂，影响税款的及时准确入库。

2. 以规划部门颁发的《建设工程规划许可证》，以及以建设部门颁发的《建筑工程施工许可证》作为确定清算单位的依据。

但《建设工程规划许可证》和《建筑工程施工许可证》仅是项目建设前的报建手续，其只有土地上的建设工程，而不是项目本身。以《建设工程规划许可证》和《建筑工程施工许可证》作为确定清算单位的依据，其结果与以《建设用地规划许可证》刚好相反。可能会产生一个项目被划分成若干清算单位。

3. 以发改委立项的《固定资产投资项目备案证》或《固定资产投资项目核准证》作为确定清算单位的依据。

4、将几个部门颁发的各种许可证作综合评判的依据，确定清算单位。