2018年6月6日，国家税务总局发布了《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）。从此，企业所得税税前扣除凭证有了更明确的规定。土地增值税的扣除凭证呢？

《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号第四条第一款规定，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关的税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。

条文并未进一步对“合法有效凭证”做进一步解释。于是乎2015-2017之间，北京、青岛、安徽、山东、厦门、海南等地陆续出台了地方性文件，对土地增值税的“合法有效凭证”进行了细化解释。

各地的对土地增值税凭证的解释局限于：合同协议、财政票据、发票、签收单据、收付款凭证、法院文书、境外支付证明等等。

上述传统意义上的“合法有效凭证”并未解决以下两个问题：

一、土地增值税清算之后再次取得的“合法有效凭证”能否重新扣除？

从《企业所得税税前扣除凭证管理办法》来看，有几个新思路可供土地增值税管理借鉴：

第十三条 企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。

按照上述规定，是否可以类推：一般情况下，土地增值税在清算审核结论出具之前提供的合法有效凭证都可以计入土地增值税的扣除项目？

第十五条 汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证。

第十六条 企业在规定的期限未能补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证，并且未能按照本办法第十四条的规定提供相关资料证实其支出真实性的，相应支出不得在发生年度税前扣除。

按照上述规定，是否可以类推：土地增值税清算之后，若发现新的“合法有效凭证”是否依然可以计入土地增值税的扣除项目？

举例：某项目公司在土地增值税清算后，有关部门日常检查时，发现该公司少支付了土地出让金1.5亿元人民币，之后，该公司按规定补缴了土地出让金，同时取得了支付土地出让金的财政票据。

问：该项目公司支付的发生在土地增值税清算之后土地出让金支出，且取得财政票据，能否计入土地增值税的扣除项目？

解析：若土地增值税管理可以类比《企业所得税税前扣除凭证管理办法》，那么应允许扣除。

二、“双抬头”合作建房在土地增值税清算时，开发商支付并取得的“合法有效凭证”如何给村股份公司（出地方）扣除？

在“双抬头”合作建房的情况下，合作双方不需要单独成立项目公司，从取得土地使用权证开始，项目开发的权利人同属出地方和出钱方。

从土地增值税项目管理来看，要以土地增值税的项目为清算单位；从纳税义务人来看，土地增值税又需要分别由出地方和出钱方分别申报缴纳。尽管土地增值税的扣除项目存在成本分摊的情况，但一张凭证无法同时给两方扣除，《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的“分割单”对土地增值税管理启发了新思维。

第十八条 企业与其他企业（包括关联企业）、个人在境内共同接受应纳增值税劳务(以下简称“应税劳务”)发生的支出，采取分摊方式的，应当按照独立交易原则进行分摊，企业以发票和分割单作为税前扣除凭证，共同接受应税劳务的其他企业以企业开具的分割单作为税前扣除凭证。

举例：A公司为村股份公司，为出地方；B公司为房地产开发企业，为出钱方，双方“双抬头”合作开发。开发过程中，B公司支付了土地出让金1亿元人民币，取得了B公司为抬头的财政票据。

问：在该合作建房土地增值税清算时，是以A、B公司各自分房销售的部分各自为清算单位，还是以A、B公司整个项目为清算单位？在计算土地增值税时，B公司支付并取得的财政票据若需要给A公司分摊，A公司在进行土地增值税扣除时的“合法有效凭证”是什么？

解析：若土地增值税管理可以类比《企业所得税税前扣除凭证管理办法》，假设清算的前提是扣除项目需要分摊扣除，那么在不同公司之间，以“分割单”作为扣除凭证是个好思路。