对房地产开发经营企业增值税纳税评估过程中，通过审核房地产开发经营企业“营改增”试点实施之日前“预收账款”科目余额、对应的应交营业税和实际缴纳的营业税，可能会发现房地产开发经营企业多交了营业税，此种情况并不鲜见。但“营改增”后，房地产开发经营企业并没有向主管地税机关申请退还多缴纳的营业税，而是直接抵顶了应该向国税机关缴纳的增值税。

《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税【2016】36号）第一条第（十三）项第2点：“试点纳税人发生应税行为，在纳入“营改增”试点之日前已缴纳营业税，“营改增”试点后因发生退款减除营业额的，应当向原主管地税机关申请退还已缴纳的营业税。”很显然，此种情况都需要主管地税机关退还已缴纳的营业税。更不用说“营改增”前，有些房地产开发企业挖个坑，应税行为可能还没有发生，预收款还没有收取，营业税就缴纳了，是典型的寅吃卯粮，属于违规行为。“营改增”后，这部分多缴纳的营业税应该申请退还，而不能用多缴的营业税抵顶应该预交或缴纳的增值税。

国家税务总局2016年第18号公告第十七条规定：“一般纳税人销售自行开发的房地产项目，其2016年4月30日前收取并已向主管地税机关申报缴纳营业税的预收款，未开具营业税发票的，可以开具增值税普通发票，不得开具增值税专用发票。”

实际上，本条只是解决了房地产企业试点后无法就试点前收取的预收款开具营业税发票问题，可以补开增值税普通发票，而不是抵顶增值税。增值税普通发票的补开需要满足几个条件：一是房地产试点纳税人2016年4月30前收取了预收款；二是向主管地税机关申报缴纳了营业税；三是未开具营业税发票的。这三个条件同时满足的话，允许在“营改增”试点后，开具增值税普通发票。如果是“营改增”试点后收取的预收款，只能预缴增值税；“营改增”试点前发生了应税行为，收取了预收款，应按照营业税政策规定补缴营业税（《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税【2016】36号）第（十三）项第3点）。

深入了解后发现，不是房地产开发公司不向主管地税机关申请退还，而是地方财政部门不愿意退还。这里面牵涉到地方和中央收入划分问题。原因很简单，“营改增”前，房地产业营业税属于地方收入，收入全部归地方；而“营改增”后，增值税是共享收入，中央分享50%，税种缴纳地分享50%（《国务院关于印发全面推开”营改增”试点后调整中央与地方增值税收入划分过渡方案的通知》（国发【2016】）26号）。如果退还多缴纳的营业税，地方政府的收入就减少了50%。房地产开发企业可能别无良方，地方主管地税机关不退还多缴纳的营业税，只能抵顶向国税机关缴纳的增值税。建议地方国税机关、地税机关和地方政府应该尽快协商解决这个问题。