《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）以及《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发[2009]91号）规定，纳税人有下列情形之一的，应进行土地增值税的清算：1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；3.直接转让土地使用权的。纳税人符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；2.取得销售（预售）许可证满3年仍未销售完毕的；3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；4.省税务机关规定的其他情况。
纳税人具备以上条件，无论是主动清算还是被动清算，都要面临如何确定收入的问题。《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）对这一问题，区分不同情形进行了明确。
1.开发项目销售完毕且已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入。
开发产品销售收入，若会计处理均通过“预收账款”科目核算，则“预收账款”各年度该项目累计发生额即为收入总额。此种情况下，商品房确权面积及结算价款已经确认，结算发票应全部开具，依据发票所载金额，确认土地增值税收入是成立的。但要注意复核编制的项目签约销售清单、确认面积结算单、销售发票或销售收据是否一致，勾稽关系是否成立。
此外，未在“预收账款”科目核算的价外收费，也应计入收入总额。对于开发商在项目开发过程中的代收费用，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）规定，对于县级及县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，如果代收费用是计入房价中向购买方一并收取的，可作为转让房地产所取得的收入计税；如果代收费用未计入房价中，而是在房价之外单独收取的，可以不作为转让房地产的收入。对于代收费用作为转让收入计税的，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数；对于代收费用未作为转让房地产的收入计税的，在计算增值额时，不允许扣除代收费用。因此，若房地产开发企业不是按照县级以上人民政府的规定要求代收的费用，则要作为开发产品的收入征税。财务处理记入“其他应付款”科目核算，可能导致销售合同清单、销售发票清单与会计科目“预收账款”收入总额不一致。因此，土地增值税清算时，对于销售收入要分析确认。
国税发[2006]187号文件规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。因此，销售收入总额要首先分期确定，然后分类确定。
2.未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
并非开发商收款都会开具发票，发票所载金额不一定能如实反映开发产品销售总额，特别是开发产品已售未收款在财务账目也没有反映的情况下，比如关系客户定房后，只交纳定金，清算时只能依据交易双方签订的销售合同所载金额来确认收入。但在这种方式下，全部销售合同应悉数备案，无论纳税人还是主管税务机关，要逐一复核开发项目的开发楼栋、开发套数、规划面积、预售面积、确权面积等基本数据，确保勾稽无误。
开发项目开始清算，按照开发商编制的项目销售合同签约明细表确认收入，若没有考虑已经按照实际确权面积进行结算的补、退房款差异，仍会存在误差。
商品房销售管理办法规定，商品房销售可以按套（单元）计价，也可以按套内建筑面积或者建筑面积计价。按套（单元）计价的房屋，误差范围在合同约定的范围之内，一般不会产生补、退房款。按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：（1）面积误差比绝对值在3%以内（含3%）的，据实结算房价款；（2）面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人退房的，房地产开发企业应当在买受人提出退房之日起30日内将买受人已付房价款退还给买受人，同时支付已付房价款利息。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3%以内（含3%）部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。
当面积误差比绝对值超过3%时，房地产企业有可能支付客户退房的房价款利息以及承担超出3%部分的房价款，还有可能双倍返还客户绝对值超出3%部分的房价款。
支付给客户退房款以及双倍返还客户绝对值超出3%部分的房价款时，房地产企业可以冲减其销售收入。会计处理为：借记“预收账款（或主营业务收入）”，贷记“银行存款”。若支付利息，借记“财务费用”，贷记“银行存款”。
实务中，确权面积结算差异是客观存在的，补、退房款是正常的，不过一般都能控制在3%以内。但纳税人要将结算资料保存完整，以备核查。
3.未签订销售合同的情形也要清算收入。
国税函[2010]220号文件没有明确未开具发票或未全额开具发票或未签订销售合同如何确认收入的情形。例如，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等已经交付使用的特殊情形，清算时则可依据国税发[2006]187号文件第三条第一款规定，确认土地增值税清算收入，即按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定，或由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。对实际未投入使用的房屋，应待实际投入使用时，再按上述办法确认收入。
纳税人具备以上条件，无论是主动清算还是被动清算，都要面临如何确定收入的问题。《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）对这一问题，区分不同情形进行了明确。
1.开发项目销售完毕且已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入。
开发产品销售收入，若会计处理均通过“预收账款”科目核算，则“预收账款”各年度该项目累计发生额即为收入总额。此种情况下，商品房确权面积及结算价款已经确认，结算发票应全部开具，依据发票所载金额，确认土地增值税收入是成立的。但要注意复核编制的项目签约销售清单、确认面积结算单、销售发票或销售收据是否一致，勾稽关系是否成立。
此外，未在“预收账款”科目核算的价外收费，也应计入收入总额。对于开发商在项目开发过程中的代收费用，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）规定，对于县级及县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，如果代收费用是计入房价中向购买方一并收取的，可作为转让房地产所取得的收入计税；如果代收费用未计入房价中，而是在房价之外单独收取的，可以不作为转让房地产的收入。对于代收费用作为转让收入计税的，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数；对于代收费用未作为转让房地产的收入计税的，在计算增值额时，不允许扣除代收费用。因此，若房地产开发企业不是按照县级以上人民政府的规定要求代收的费用，则要作为开发产品的收入征税。财务处理记入“其他应付款”科目核算，可能导致销售合同清单、销售发票清单与会计科目“预收账款”收入总额不一致。因此，土地增值税清算时，对于销售收入要分析确认。
国税发[2006]187号文件规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。因此，销售收入总额要首先分期确定，然后分类确定。
2.未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
并非开发商收款都会开具发票，发票所载金额不一定能如实反映开发产品销售总额，特别是开发产品已售未收款在财务账目也没有反映的情况下，比如关系客户定房后，只交纳定金，清算时只能依据交易双方签订的销售合同所载金额来确认收入。但在这种方式下，全部销售合同应悉数备案，无论纳税人还是主管税务机关，要逐一复核开发项目的开发楼栋、开发套数、规划面积、预售面积、确权面积等基本数据，确保勾稽无误。
开发项目开始清算，按照开发商编制的项目销售合同签约明细表确认收入，若没有考虑已经按照实际确权面积进行结算的补、退房款差异，仍会存在误差。
商品房销售管理办法规定，商品房销售可以按套（单元）计价，也可以按套内建筑面积或者建筑面积计价。按套（单元）计价的房屋，误差范围在合同约定的范围之内，一般不会产生补、退房款。按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：（1）面积误差比绝对值在3%以内（含3%）的，据实结算房价款；（2）面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人退房的，房地产开发企业应当在买受人提出退房之日起30日内将买受人已付房价款退还给买受人，同时支付已付房价款利息。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3%以内（含3%）部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。
当面积误差比绝对值超过3%时，房地产企业有可能支付客户退房的房价款利息以及承担超出3%部分的房价款，还有可能双倍返还客户绝对值超出3%部分的房价款。
支付给客户退房款以及双倍返还客户绝对值超出3%部分的房价款时，房地产企业可以冲减其销售收入。会计处理为：借记“预收账款（或主营业务收入）”，贷记“银行存款”。若支付利息，借记“财务费用”，贷记“银行存款”。
实务中，确权面积结算差异是客观存在的，补、退房款是正常的，不过一般都能控制在3%以内。但纳税人要将结算资料保存完整，以备核查。
3.未签订销售合同的情形也要清算收入。
国税函[2010]220号文件没有明确未开具发票或未全额开具发票或未签订销售合同如何确认收入的情形。例如，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等已经交付使用的特殊情形，清算时则可依据国税发[2006]187号文件第三条第一款规定，确认土地增值税清算收入，即按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定，或由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。对实际未投入使用的房屋，应待实际投入使用时，再按上述办法确认收入。
